这个系统比较复杂，你需要考虑到方方面面，并且要考虑系统的升级问题和扩展性。
因没对需求十分清楚，只建议你暂时把有中转站的线路，分成几个子线路，子线路的做法就有好多做法了。
如果想进一步讨论，请先把你的需要和考虑再详细分析一下，否则本帖当废帖处理了。

最好能参考一下成功的案例，因列车系统本人没有接触过，所以想法可能会与已有的有较大区别。因这种系统除考虑自己想法外，更注重与原系统的兼容，因数据源都是从那里来的。
如果是新建系统，并且没有考虑其它系统，我会把一个班次作为一个表，如北京--上海作为一个班次。另建一表是站点与站点的行程表，并用一个班次号与班次表表示关联，行程是班次的子线路。如上海--苏州可以是一子线路，苏州--无锡又是一子线路，上海--无锡又是子线路，但它们的班次都是相同的。这种方法缺点是输入比较复杂，要输入每两个站的数据。但考虑列车的价格可能并不是以公里算的，并且有价格折扣等因数，虽然麻烦，但价格都是正确的。
这种系统的设计，还需知道一些运营策略上一些东西，一个数据库的设计不能单考虑一方面的。另外，我想要避免价格运算是简单的两个站点相加这样简单的算法，很多时候整个班次价格都不是各站点相加这样简单，这与运营价格策略有关。