一、在WIN2000中的应用
由于WIN2000中没有自带Msconfig.exe这个实用的系统配置工具，很多人会将它从WIN98中拷贝到WIN2000的相应目录里使用。但在运行该程序时，因为Msconfig要首先寻找WIN98的相应文件，但WIN2000中没有，因此会出现提示SYSTEM.INI、WIN.INI找不到。如果安装的不是双系统，可能AUTOEXEC.BAT、CONFIG.SYS也找不到。这样，你必须点击4次确认后，才能使用这个配置工具，非常麻烦。
其实，你可以用记事本程序，在安装WIN2000分区的WINDOWS目录下，编辑4个（双系统的用户只要改前面两个）文本文件，内容只需一个字母和数字即可，然后改名为SYSTEM.INI、WIN.INI和相应的DOS启动文件名，反正WIN2000是不会读取这些文件的，不会影响WIN2000的启动和使用。现在再打开Msconfig就不会再提示你找不到文件而要4次确认了。
提示：如果你安装WIN2000的时侯，用了特殊的目录名而不是WINDOWS，那么就得先在该分区建立一个WINDOWS的目录，再把这些文件放进去。
二、在WINXP中的应用
在WINXP中，有很多打开的服务进程如远程控制、驱动器共享等是普通用户不需要的。如果你在管理工具中关闭这些服务，下次启动WINXP时，这些服务可能又自动打开了。此时，我们可利用Msconfig.exe来管理WINXP启动的服务。例如，运行Msconfig.exe，点击“服务”选项，然后把SERVER前面的钩去掉后，共享驱动器就不会再打开了。
提示：在WINXP中使用了Msconfig后，下次启动的时侯会提示你使用了系统配置工具。你也可以选择每次启动时不显示这项提示。